Primer-dimer-artefakter forekommer typisk ved et stort tærskelcyklusnummer (norm alt > 35 cyklusser), hvilket er højere end tærskelcyklustallet for det ønskede amplikon. Primer-dimere øges markant, når heterologt genomisk DNA tilføjes.
Hvor vil du se primer-dimere på en DNA-gel?
I ikke-kvantitativ slutpunkts-PCR vil primer-dimer fremstå som en mere eller mindre svag udtværing på en agarosegel, under det relevante produktbånd.
Hvordan dannes primer-dimere?
Primer-dimerer dannes når to primere binder til hinanden, i stedet for til skabelon-DNA'et, på grund af områder med primer-komplementaritet.
Hvordan detekterer du primer-dimere?
Den nemmeste måde at tjekke for primer-dimere er for at sammenligne dine reaktioner med din negative kontrol (vand i stedet for DNA eller RNA). Primer-dimere vil stadig dannes i den negative kontrol. Nogle primersæt er mere tilbøjelige til at danne dimerer end andre.
Hvorfor vises primer-dimere?
For det meste ses primer-dimere på grund af høj koncentration af primeren i PCR-reaktionsblandingen. Eller hvis der ikke er nogen PCR-amplifikation, og du kan se på primer-dimer i agarosegelen. Hvis du er i stand til at se PCR-produktet, kan du reducere koncentrationen af primen og holde de øvrige betingelser ved lige.
